เรื่องราวของโทโมโยะอาฟเตอร์มุ่งไปที่โอคาซากิ โทโมยะ[lower-alpha 2] ซึ่งเป็นตัวเอกชายจากเกมแคลนนาด และซาคางามิ โทโมโยะ[lower-alpha 3] หนึ่งในนางเอกของเกมเดียวกันและนางเอกตามชื่อเรื่องของโทโมโยะอาฟเตอร์ โทโมยะเพิ่งผ่านพ้นการเป็นสมาชิกของสังคมอย่างเต็มตัวในปีแรก เขาทำงานเป็นคนเก็บขยะและช่างซ่อม[1] เดิมทีเขาอาศัยในห้องชุดเพียงลำพัง ซึ่งตรงข้ามกับการอยู่ร่วมกับโอคาซากิ นาโอยูกิ[lower-alpha 4] บิดาของเขาที่เข้ากันได้ไม่ดีนัก โทโมยะยังคงมีความสัมพันธ์แบบเพื่อนสนิทกับโทโมโยะ ซึ่งเรื่องราวของเธอได้รับการขยายต่อจากที่เห็นในแคลนนาด เธอยังคงติดต่อกับโทโมยะและทั้งคู่เริ่มมองอีกฝ่ายในความสัมพันธ์แบบรักใคร่[2][3]

เรื่องราวเกิดขึ้นในช่วงหนึ่งเดือนให้หลังจากเหตุการณ์ในแคลนนาด ระหว่างวันหยุดยาวฤดูร้อนหลังจากที่โทโมยะสำเร็จการศึกษาจากโรงเรียนมัธยม เขายังคงอยู่ในเมืองเดียวกันกับในฉากหลังของแคลนนาด[1] วันหนึ่งมีการค้นพบว่าโทโมโยะมีน้องสาวต่างมารดาชื่อว่ามิชิมะ โทโมะ[lower-alpha 5] ซึ่งอาศัยอยู่กับมารดาของเธอ[2][3] โทโมะซึ่งยังเป็นนักเรียนอนุบาลเป็นบุตรนอกสมรสของบิดาของโทโมโยะกับหญิงอื่นชื่อว่ามิชิมะ ยูโกะ[lower-alpha 6] โทโมะย้ายเข้ามาอยู่ห้องชุดของโทโมยะ เนื่องจากแม่ของเธอมีปัญหาทางจิต ซึ่งส่งผลกระทบเป็นอย่างมากกับเด็กหญิง[1] โทโมโยะรักน้องสาวต่างมารดาคนนี้มากและดูแลเธอตลอดเวลา เพราะเธอชอบเด็กเป็นพิเศษ

นอกจากนี้โทโมโยะยังมีน้องชายที่มีทักษะทางคอมพิวเตอร์ยอดเยี่ยมชื่อซาคางามิ ทาคาฟูมิ[lower-alpha 7] เขาติดตั้งเครื่องคอมพิวเตอร์ส่วนบุคคลในห้องของโทโมยะ และจากนั้นเข้ามาอยู่อาศัยในห้องชุด[1] ทาคาฟูมิมีคนรักเก่าชื่อคานาโกะ[lower-alpha 8] ซึ่งไม่เปิดเผยนามสกุล เธอมักปากเสียและชอบถากถางเกินควร เธอไม่มีความสุขที่แม่ของเธอสมรสใหม่และนั่นทำให้เธอไม่อยากอยู่บ้าน เธอจึงเข้ามาอาศัยอยู่ในห้องชุดของโทโมยะด้วย[1] เธอปรากฏตัวสั้น ๆ ประมาณสิบแปดนาทีในตอนที่หกของอนิเมะเรื่อง แคลนนาด[4] แก่นของเรื่องเน้นไปที่ความสัมพันธ์ระหว่างครอบครัว ซึ่งเหมือนกับในเรื่องแคลนนาด